Håndgjort papir blev – og bliver – lavet på en form. Ark for ark. På selve formen kan påsyes et mærke, som vil fremstå som vandmærke i det færdige papir. Denne vandmærketype – det påsyede med tekst og illustration – kaldes for et filigranvandmærke.

Filigranologiens traditionelle arbejdsfelt er håndgjort papir fra perioden ca. 1350-1700. Filigranologiske entusiaster har gennem godt 100 år foretaget et enormt arbejde med at finde, registrere, aftegne og systematisere vandmærkepapir i arkiverne. Filigranologien kan her blive en hjælpevidenskab for historikere i arbejdet med f.eks. dokumenter fra middelalderen. Gennem vandmærkeundersøgelser kan det være muligt at få dateret et papirdokument, som man ellers står uden mulighed for at datere. Schweizeren Ch. M. Briquet kan på mange måder betegnes som filigranologiens grundlægger, idet han efter 30 års søgen i arkiver i en række europæiske lande udgav værket Les Filigranes. Dictionaire Historique des Marques du Papier, dès leur Apparition vers 1282 jusqu’en 1600 (Leipzig 1907).
 

Filigranologien er en meget lille specialvidenskabelig gren, som på den ene side er præget af stor entusiasme og på den anden side af uoverskuelige problemer. På det meget overordnede plan har det foresvævet filigranologiens grundlæggere og senere udøvere, at man kunne foretage den ultimative og komplette registrering af vandmærkepapiret. Resultatet skulle ideelt set have været, at hvis en forsker fandt et ark papir med et vandmærke på et arkiv, så kunne han slå op i det store register og få præcist at vide, hvilken papirmølle papiret stammede fra, hvornår netop dette vandmærke blev brugt på papirmøllen, ja måske kunne man endog få oplyst navnet på formbinderen og/eller papirmageren. Denne målsætning har vist sig helt og aldeles urealistisk og har gennem mange år hensat filigranologien i lidt af et dødvande. De enkelte forskere har derfor kastet sig over mere begrænsede emner som f.eks. en enkelt papirmølles vandmærker eller et enkelt lands vandmærker i en bestemt periode. Men selv sådanne mindre projekter har vist sig at være uhyre ressourcekrævende, og forskerne må gang på gang tage forbehold for, om de har fået alle vandmærker med.

Konservatorskolen i København er det traditionelle hovedsæde for den danske forskning på området. Det danske standardværk er Danske Vandmærker & Papirmøller 1570-1695 bind 1-2 (Konservatorskolen 1986 og 1987) af Birte Rottensten og Ebba Waaben.Det er et fortræffeligt værk, som indeholder oversigt over den filigranologiske forskning internationalt og nationalt, gennemgang af tidens danske papirmøller og en omfattende dokumentation af tidens vandmærker.

Finnen Nils J. Lindberg har med værket Paper comes to the North. Sources and Trade Routes of Paper in the Baltic Sea Region 1350-100. A Study Based on Watermark Research, (IPH Monograph 2 1998) pustet nyt liv i den internationale vandmærkeforskning. Værket kan desuden også bruges som en grundbog for nye interesserede på området.

Helge Spangaa har i to artikler i Nordisk Pappershistorisk Tidskrift (2/2002 og 1/2003) leveret de nyeste bidrag til dansk vandmærkeforskning. Artiklerne har titlen "Kongemagt og papir" og tager udgangspunkt i kongemagtens papirindkøb i perioden 1639-1653.

Papirmuseet Bikuben agter også at foretage filigranologiske undersøgelser med udgangspunkt i vandmærker fra Silkeborg Papirfabrik. Papirmuseet Bikuben ligger inde med en meget omfattende samling af vandmærkepapir fra Silkeborg Papirfabrik. Blandt andet er papirmuseet i besiddelse af en samling, der dokumenterer den håndgjorte papirproduktion på Silkeborg Papirfabrik.